在处理保险公司以治疗医院非二级以上公立医院为由拒赔的问题时，我们需要从法律角度进行深入分析。首先，我们要明确保险合同中关于医疗机构的约定内容。根据保险法司法解释，如果保险合同中明确指定了医疗机构，那么在理赔时应遵循该条款。这意味着，如果被保险人未按照合同约定在指定的医疗机构接受治疗，保险公司有权根据合同条款拒绝赔付。

然而，我们还需要考虑到特殊情况，即紧急情况下的治疗。在某些情况下，被保险人可能因紧急情况无法前往指定的医院接受治疗，而就近选择了其他医疗机构。在这种情况下，如果被保险人的生命健康面临极大风险，那么保险公司应予以赔付。这是因为保险合同的目的是保障被保险人的生命和健康，而不是限制他们在紧急情况下寻求救治的权利。

接下来，我们需要关注非二级甲等医院的治疗费用是否合理。这需要从以下几个方面进行考量：

1. 为何未在保险合同指定医院接受治疗：我们需要了解被保险人为何没有选择在指定的医院接受治疗。是因为距离较远、交通不便还是其他原因？如果被保险人能够提供合理的解释，说明他们无法在指定医院接受治疗，那么保险公司应该予以支持。

2. 非二级甲等医院的资质和水平：需要评估非二级甲等医院的资质和水平。虽然这些医院可能不是顶级医疗机构，但它们是否具备一定的医疗水平和设施，能否为被保险人提供适当的治疗？如果这些医院的资质和水平能够满足被保险人的治疗需求，那么保险公司应该予以赔付。

3. 治疗费用的合理性：我们需要审查治疗费用的合理性。保险公司可以要求被保险人提供相关的医疗费用明细和发票，以确保费用的真实性和合理性。如果治疗费用明显高于同类医疗机构的平均水平，保险公司可以要求被保险人提供合理的解释。

综上所述，对于非二级甲等医院的治疗费用拒赔是否合理，需要从多个方面进行考量。保险公司应根据保险合同的约定、被保险人的实际情况以及非二级甲等医院的资质和水平来判断是否予以赔付。在处理此类问题时，保险公司应充分尊重被保险人的合法权益，确保保险合同的目的得以实现。同时，被保险人也应遵守保险合同的约定，尽量选择在指定的医疗机构接受治疗，以确保自身权益得到最大程度的保障。